Fue fundado en 1969. En las primeras décadas de su historia, ha habido varios rivales con los que disputaba los mismos objetivos ligueros, como el CD Roquetas (Almería), el Mármol Macael (Almería), el CD Los Boliches-actual UD Fuengirola los Boliches-(Málaga) y sobre todo el Guadix CF (Granada), siendo este equipo el que, hasta su refundación, se puede considerar su verdadero rival histórico, pues ambos protagonizaron numerosas disputas en Regional Preferente (antiguamente, con carácter autonómico y no provincial, como en la actualidad), Tercera División, Segunda División B e incluso en la Copa del Rey, debiendo batirse con todos ellos en dichas competiciones. Pero desde el comienzo de la década de 2000, es la Unión Deportiva Almería con quien mayor rivalidad ha mantenido el Poli, acrecentada en los cinco años en los que ambos coincidieron en la Segunda División, de 2002 a 2007.
Con el FC Cartagena, sin embargo, nunca llegó a coincidir. Ni con los blanquineegros actuales ni tampoco con el Cartagena FC que ahora no compite en categoría nacional pero que mantiene todas sus bases en el polígono Cabezo Beaza
Durante la temporada 2011/2012, el club se encontraba acogido a la Ley Concursal debido a la paupérrima situación económica de la entidad del Poniente almeriense. En un principio consiguió evitar el descenso administrativo aTercera gracias al proceso concursal, pero acabó retirándose de la competición y descendiendo a la Tercera, después de haber pasado a llamarse Poli Ejido 2012.
