La Sociedad Deportiva Lejona se creó en 1925 cuando el fútbol ya tenía un arraigo importante en la población vizcaína y cuando Leioa empezó a tener cuantiosos futbolistas como para formar un club. El equipo fue inscrito en la Federación Vizcaína de Fútbol y comenzó su andadura en Segunda Categoría. Su primer feudo fue el campo de Lamiako.
Tardó nueve años en ascender una categoría. Fue en la temporada 34-35 cuando ascendió a Segunda Categoría Preferente. Poco duró la andadura, pues la Guerra Civil echó por tierra la actividad de la Sociedad Deportiva Lejona.
Nadie en el municipio hizo nada por reflotar la nave durante 13 años. En 1949 el Lejona reanudó su actividad, de nuevo en la categoría mínima, en la época la Segunda Regional. Eso sí, tras la Guerra Civil no le dejaron ser la sociedad deportiva que se fundó en 1925 y tomó el nombre de Lejona Club de Fútbol.
En la campaña 1958/1959 consiguió de nuevo el ascenso, esta vez a la Primera Regional, la máxima categoría a nivel de provincias en la época, pero sólo se mantiene cuatro temporadas antes de descender. Los resultados venideros fueron tan desalentadores -un decimotercer y decimocuarto puesto en los años siguientes- que la directiva dimitió y nadie tomó las riendas del Club. Así, en 1965 se abrió el segundo parón del Lejona, que estuvo sin fútbol federado durante nueve años.
Azkueta como líder
Hasta que una serie de acontecimientos en 1974 marcaría un antes y un después en la historia del club leioztarra. Volvió con un equipo juvenil formado por aficionados. Para el anecdotario queda que el club solicitó al Fútbol Club Barcelona equipaciones, coincidiendo con sus colores históricos, a lo que accedió el conjunto catalán. Pero esa misma temporada, en vista de las deudas acumuladas del parón de los sesenta y por problemas materiales, el presidente decidió en asamblea bajar la persiana. Por fortuna para la entidad, Jose Ignacio Azkueta, vecino de Leioa y seguidor del equipo, evitó la desaparición definitiva al decidir tomar la presidencia.
De su mano se compuso en la temporada 1979/1980 de nuevo un equipo sénior, inscrito, por tercera ocasión, en la categoría más modesta, la Segunda Regional. Azkueta además escuchó las peticiones de los socios que pedían que el Lejona volviera a tomar el nombre inicial como sociedad deportiva. Cuando el municipio de Lejona adquirió el nombre al euskera en 1981, se convirtió en la Sociedad Deportiva Leioa.
Quedaba un paso para ser un club definitivamente estable: dejar de ser nómada para tener una casa propia. Desde 1974 el equipo debía buscar campo para cada partido de local. De hecho, los jugadores comenzaban la semana sin saber dónde jugarían su próximo partido. Debido a tal inestabilidad, al Leioa siempre le costó conseguir a los mejores jugadores para optar a cotas mayores que jugar en la última categoría.
Pero a finales de los 80 la historia cambiaría. En la temporada 1987/1988 la S.D. Leioa asciende a Primera Regional y además el Ayuntamiento y el Club ya tenían encaminado el proyecto de unas instalaciones propias. Su inauguración en 1988 dotó de la base definitiva al equipo para seguir creciendo.
En 1997 el Leioa asciende a Regional Preferente tras ser campeón del grupo y 5 años más tarde, en 2002, la Federación Vizcaína crea la División de Honor, una categoría entre Preferente y Tercera División. La nueva división recogió entonces a los descendidos de Tercera, los ascendidos de Primera Regional y los que se mantuvieron en Preferente, entre los que se encontraba el Leioa.
A Tercera División
La tercera temporada en la categoría supuso una agonía hasta el final. Se salvó en la última jornada en Sarriena. En la grada viendo el partido se encontraba David Movilla, que ya sabía que entrenaría al Leioa la temporada 2006/2007. Con él en el banquillo llegó una época brillante.
En su primera temporada el equipo se clasifica cuarto y en la 2007/2008 logra el ascenso a Tercera División por primera vez en su historia. Después de debutar en la categoría con un undécimo puesto, la siguiente fue más difícil, pues quedó al borde del descenso. Sin embargo, las cuatro campañas siguientes fueron de una mejora constante hasta ascender por primera vez a Segunda B en 89 de vida. Fue en la temporada 2013/2014 cuando quedó campeón de grupo y luego venció en la promoción de ascenso al Varea por 1-4 en Logroño y 3-0 en Sarriena.
Debut en Segunda División B y Copa del Rey
Así pues, la Sociedad Deportiva Leioa debutó el 21 de agosto de 2014 en el fútbol de bronce estatal, contra el Fuenlabrada en el Fernando Torres, con resultado de 1-0 en contra. Del mismo modo, en septiembre de 2014 debutó en la Copa del Rey con victoria por 1-0 ante el Sestao River, competición en la que logró pasar dos rondas antes de caer contra el Cornellà. En liga comenzó siendo una de las relevaciones, pero acabó salvándose en la última jornada ante el Getafe B.
Al final de la temporada David Movilla abandonó el Club tras una época de gloria y tomó las riendas el técnico guipuzcoano Igor Gordobil. La campaña 2015/2016 se convierte en una agonía al llegar a la última jornada, en Irún, con la necesidad de vencer para, al menos, forzar los partidos de promoción de permanencia. Entonces el equipo sacó un 0-1 que le aferró al decimosexto puesto y jugar así contra el C.D. Olimpic el play-off por mantener la categoría. Un 1-1 en tierras valencianas y un contundente 4-1 en Sarriena culminaron la temporada con final feliz.
El mejor Leioa de la historia
La temporada 2016/2017 quedará para el recuerdo como la mejor de la historia de la Sociedad Deportiva Leioa. Lideró el grupo II de Segunda B durante tres semanas y 26 de 38 jornadas las pasó en posición de play-off de ascenso a Segunda División. El momento de oro de la temporada fue la victoria en el Carlos Belmonte por 1-2 ante el Albacete Balompié, que meses después volvió al fútbol de plata.
Finalmente el quinto puesto cosechado por el conjunto azulgrana le dio el billete a la Copa del Rey por segunda vez en la historia del Club.
