Lo hace en tres etapas distintas y todas ellas como técnico de la Segunda División A. El balance general, a las puertas de la centena, es de 94 encuentros de Liga (34 victorias, 33 empates y 27 derrotas) y otras cinco confrontaciones más en la Copa del Rey (en esta competición todavía no conoce el triunfo).
El debut de Juan Manuel Rodríguez como técnico amarillo se produjo en la temporada 2003-04 bajo la presidencia de Ricardo Ríos. En esta travesía, se produjo el regreso de Manuel García Navarro al consejo de administración días antes de que fuera relevado por David Vidal, tras la decimosexta jornada.
Volvió en 2007-08, para sustituir a Juanito Rodríguez y recoger la misión de salvar al equipo de un posible descenso, tras un inicio como colista en la clasificación. El objetivo fue cubierto después de fimar una excelente segunda vuelta donde la UD Las Palmas ofreció números de élite. Continuó la campaña siguiente hasta la decimocuarta jornada, cuando fue sustituido por el entonces secretario técnico, Javier Vidales.
El segundo retorno del entrenador grancanario se produjo en 2010-11, a falta de 16 partidos, para evitar otra posible hecatombe. De nuevo obró la hazaña, con un proyecto de cantera que aún pervive con las conocidas dificultades económicas.
Juan Manuel se incorporará el próximo fin de semana en el selecto grupo de siete técnicos con al menos cien partidos como máximos responsables técnicos de la UD Las Palmas. La lista la encabeza el francés Pierre Sinibaldi (166), seguido de Roque Olsen (141) y Luis Molowny (130) en los tres puestos de honor; Sergio Kresic (120), Satur Grech (113), Paco Castellano (109) y Vicente Dauder (104) son los restantes.
